Quels sont les germes, virus et bactéries, rencontrés dans les infections respiratoires ?

La cause la plus fréquente des infections respiratoires est l’infection virale : la grippe est causée par des virus Influenzae, le rhume est causé à 40% par un rhinovirus, les autres infections virales étant dues à divers virus, comme le coronavirus ou le virus parainfluenza.

L’infection bactérienne peut être ensuite causée par des bactéries favorisées par le déficit immunitaire local créé par les virus. La bactérie la plus fréquemment retrouvée lors de ces surinfections est Streptococcus pneumoniæ (Pneumocoque).

Le Pneumocoque fait l’objet de nombreuses prescriptions d’antibiotiques et donc de résistance.

Il existe également le Streptococcus pyogenes responsable des angines à Streptocoques dont le diagnostic est absolument essentiel pour éviter les complications de type RAA (Rhumatisme Articulaire Aigüe).

Qui est le virus Influenziae responsable de la vraie grippe ?

La grippe est une maladie infectieuse qui s’attaque aux voies respiratoire en hiver et qui est causée par des virus Influenzae. Ils appartiennent à la famille des Orthomyxoviridae, genre Influenzavirus. Il existe différents types de virus de la grippe, avec des sous types différents classés selon leurs glycoprotéines de surface, les neuraminidases (N) et les hémagglutinines (H).

La grippe de Type A est la plus dangereuse. Elle a provoqué plusieurs pandémies meurtrières comme la célèbre grippe espagnole de 1918, qui a tué plus de 20 millions de personnes et celle de 1968, dénommée la « grippe de Hong Kong ». Le type A se transforme en très peu de temps, ce qui le rend d’autant plus difficile à combattre. Il entraîne une pandémie environ 3 ou 4 fois par siècle. En 2009, un nouveau virus de type A, le H1N1, a déclenché une autre pandémie dont, finalement, la virulence a été considérée comme « modérée ». La grippe aviaire est aussi un virus de type A souche H5N1 qui atteint les oiseaux et volailles et causé plusieurs décès en Asie. La grippe de Type B présente des manifestations qui sont moins graves et n’entraîne que des épidémies localisées. Les symptômes de la grippe de type C s’apparentent à ceux d’un rhume banal. Les grippes de type B ou C sont moins sujettes aux mutations que le type A.

Le virus de la grippe reste pathogène durant une semaine à température corporelle et plusieurs jours à des températures basses. Aussi, pour éviter une propagation de la grippe, il est recommandé de suivre les mesures d’hygiène essentielles (se laver les mains régulièrement, éternuer dans un mouchoir en papier et le jeter immédiatement après) et de rester chez soi dès l’apparition des premiers symptômes.

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Quels sont les autres virus rencontrés lors de rhume et autres refroidissements : le rhinovirus, le coronavirus ou le virus para-influenza. Le cas particulier du Virus Respiratoire Syncytial (VRS).

Les autres virus responsables de pathologies respiratoires donnent un état grippal qui doit être différencié de la grippe. Leurs symptômes apparaissent la plupart du temps graduellement alors que la survenue de la grippe est généralement brutale. Le rhume est causé à 40% par un rhinovirus, les autres infections virales étant dues à divers virus, comme le coronavirus ou le virus parainfluenza. Au total, Plus de 100 virus différents peuvent être à l’origine d’une rhinopharyngite.

Les rhinovirus sont une espèce de virus appartenant à la famille des Picornavirus. Leur nom provient du fait que ces virus possèdent une adaptation pour se multiplier dans les fosses nasales. Ils provoquent le rhume. Ces virus sont résistants dans l’environnement. C’est pourquoi, ces virus se transmettent aisément d’une personne à l’autre, par les gouttelettes de salive, lors d’éternuements, par le contact direct avec les mains ou indirectement par des objets contaminés.

Le coronavirus, du latin, virus à couronne, est le nom d’un genre de virus de la famille des Coronaviridiae. On a identifié quatre ou cinq souches de coronavirus capables d’atteindre l’Homme, dont le plus connu est à l’origine du SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère). Mais la plupart du temps ce virus provoque un rhume banal chez un adulte, surtout en hiver ou au début du printemps.

Les virus parainfluenza (HPIV pour Human parainfluenza virus) sont des virus qui appartiennent à la famille des Paramyxoviridiae. Les infections à virus parainfluenza sont assez peu connues du grand public, mais elles constituent cependant, avec le virus respiratoire syncytial (VRS), une des causes principales d’hospitalisation des nourrissons, des personnes âgées et des patients immunodéprimés (laryngites, bronchiolites et pneumonies).

Le virus respiratoire syncytial (VRS) est un virus qui appartient à la famille des Paramyxovirus comme la virus parainfluenza mais également le virus des oreillons et celui de la rougeole. Le VRS est la cause la plus fréquente d’infections respiratoires des jeunes enfants âgés de moins de deux ans, parfois grave (bronchiolite). Il est très contagieux. Chez l’adulte, l’infection à VRS est rare et bénigne et est en général responsable d’un état pseudogrippal sauf pour les personnes âgées qui peuvent développer des bronchites.

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Streptococcus pneumonaie, ou Pneumocoque, est responsable de 80% des surinfections des voies respiratoires. Il fait l’objet de nombreuses prescriptions d’antibiotiques d’où l’apparition de résistance.

Streptococcus pneumoniae est une bactérie à gram positif. C’est un coccus se regroupe le plus souvent soit par deux chaînettes formant un huit ou en courtes chaînettes.

Streptococcus pneumoniae fait partie de la flore naturelle des muqueuses. Dès la naissance, il colonise le rhino-pharynx. Sous l’influence de certains facteurs, il peut devenir pathogène et être responsable d’infections ORL comme des otites, sinusite ou bronchite. Chez les enfants, notamment en dessous de 2 ans, et certaines personnes à risque, les infections invasives à pneumocoque peuvent conduire à des pneumonies ou des méningites.

La contamination est interhumaine et se fait par voie respiratoire à partir de porteurs sains ou de personnes malades. Les infections à Streptococcus pneumoniae sont très fréquentes dans les collectivités, et touchent facilement les jeunes enfants.

Le traitement de choix antibiotique d’une infection à Streptococcus pneumonie est une béta-lactamine, pénicilline ou amoxicilline associée ou non à l’acide clavulanique, un macrolide, et notamment l’érythromycine, ou encore le triméthoprime-sulfaméthoxazole. Malheureusement, cette bactérie fait l’objet de très nombreuses prescriptions antibiotiques d’où l’apparition de très résistances.

Des vaccins anti-peumococciques sont donc apparus. Il en existe deux sortes : le vaccin conjugué, immunisant pour 13 sous-types (sérotypes) de pneumocoque (Prevenar 13) et le vaccin polysaccharidique, immunisant pour 23 sous-types de pneumocoque utilisé dans les situations à risques, en vaccination de l’adulte et de l’enfant de plus de cinq ans (Pneumo 23).

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Les autres principales bactéries responsables des infections respiratoires notamment au niveau des bronches et des poumons : Haemophilus influenzae et Moraxella catarrhalis

La cause la plus fréquente de bronchite est l’infection virale contagieuse. L’infection peut être ensuite causée par des bactéries suite à une surinfection bactérienne favorisée par le déficit immunitaire local temporaire créé par les virus. La bactérie la plus fréquemment retrouvée, à plus de 50%, lors de ces surinfections est Streptococcus pneumoniæ (pneumocoque). Les autres bactéries généralement impliquées sont Hæmophilus influenzæ et Moraxella catarrhalis, et moins fréquemment Pseudomonas æruginosa, Staphylococcus aureus et des entérobactéries.

De nombreux Haemophilus sp font partie de la flore normale des voies respiratoires supérieures chez l’enfant et chez l’adulte et sont rarement pathogènes. Les souches pathogènes pénètrent les voies respiratoires supérieures par inhalation de gouttelettes ou par contact direct. La contagion est rapide dans les populations non immunisées comme les enfants. Il existe plusieurs espèces d’Haemophilus pathogènes mais la plus fréquente est Haemophilus influenzae qui a 6 sérotypes encapsulés distincts (a à f) et de nombreuses souches non encapsulées, non typables. Avant l’utilisation d’un vaccin anti-H. influenzae de type b (du vaccin conjugué contre Hib), la plupart des cas de maladies invasives graves étaient dus à ce type b. Haemophilus influenzae entraînent de nombreuses pathologies infectieuses chez l’enfant, comprenant bronchite, pneumonie, otite moyenne aigüe, sinusite et méningite. Ces infections peuvent plus rarement survenir chez l’adulte. Différents antibiotiques en fonction de la localisation et de la gravité de l’infection peuvent être utilisé. Ils nécessitent un antibiogramme. Un vaccin conjugué contre l’Hib existe depuis de nombreuses années. Administrés aux enfants dans le cadre de la vaccination systématique des enfants de ≥ 2 mois, ils ont réduit les infections invasives de 99%.

Moraxella catarrhalis, encore connu comme Branhamella catarrhalis, est un diplocoque aérobique gram négatif. C’est une cause fréquente d’otite moyenne chez l’enfant, de sinusites aiguës et chroniques à tout âge et d’infections de l’appareil respiratoire chez l’adulte atteint d’une pneumopathie chronique. C’est la 2e cause bactérienne par ordre de fréquence d’exacerbation d’une BPCO, après Haemophilus influenzae. Toutes les souches de Moraxella catarrhalis sont à présent productrices de β-lactamase. Le microrganisme est généralement sensible à l’association β-lactamine/inhibiteur de β-lactamase (acide clavulanique), au sulfaméthoxazole, aux tétracyclines orales à spectre étendu, aux céphalosporines, aux aminosides, aux macrolides et aux fluoroquinolones.

Egalement, la bronchite aiguë peut-être le résultat d’une infection par les bactéries Bordetella pertussis (bactérie responsable de la coqueluche), Mycoplasma pneumoniæ et Chlamydia pneumoniæ.

La pneumonie est une maladie infectieuse des poumons provoquée le plus souvent par une bactérie. Différentes bactéries peuvent provoquer une pneumonie comme les pneumocoques (Streptococcus pneumonia), Haemophilus influenzae type b (Hib), Legionella pneumophila (une des bactéries à l’origine de la légionellose), Pneumocystis carinii, Chlamydia pneumoniae, etc.

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Qui est le Streptocoque β-hémolytique du groupe A, encore appelé Streptococcus pyogenes, responsable des angines à Streptocoques ? Quelles sont les complications si l’angine est mal soignée ?

L’angine est particulièrement fréquente chez l’enfant et elle est, dans 80 % des cas environ, d’origine virale. Lorsqu’elle est d’origine bactérienne, elle est causée par un streptocoque, le plus souvent le streptocoque A ou SGA, streptocoque β-hémolytique du groupe A, encore appelé Streptococcus pyogenes. Streptococcus pyogenes est une bactérie appartenant au genre Streptococcus. Il s’agit de cocci à Gram positif présentant sous forme de chaînettes.

Ce Streptocoque fait partie de la flore commensale des muqueuses de la sphère ORL. Mais sous l’influence de certains facteurs, il peut devenir pathogène et être responsable d’un certain nombre d’infections au niveau de la sphère ORL comme l’angine. Il est aussi responsable de la scarlatine. Il se transmet par l’intermédiaire des gouttelettes provenant des voies aériennes supérieures, générées par la toux, les éternuements ou la parole d’un sujet infecté et par contact des muqueuses avec des mains ou des objets fraîchement souillés par les sécrétions ou les lésions cutanées d’un sujet infecté ou porteur. Le diagnostic est important pour éviter les complications post-streptococciques (RAA, glomérulonéphrite aiguë) de l’angine.

En effet, le rhumatisme articulaire aigu est une complication grave et redoutée des médecins lors des pharyngites ou angines par une bactérie nommée streptocoque ß-hémolytique du groupe A, qui peut entraîner des complications cardiaques et articulaires dangereuses. Ces angines sont les plus fréquentes entre 5 et 18 ans et nécessitent un traitement antibiotique permettant de prévenir ces complications. La glomérulonéphrite s’agit d’une atteinte des reins pouvant survenir après le même type de pharyngite due au streptocoque ß-hémolytique du groupe A. L’abcès péri-pharyngé s’agit d’une zone colletée contenant du pus qui doit alors être drainée chirurgicalement.

L’antibiothérapie pour soigner une angine à Streptocoque ou une scarlatine se fait par voie orale généralement à base de béta-lactamines (amoxicille essentiellement) ou céphalosporine de 2ème ou 3ème génération, puis des macrolides (erythromycine ou azithromycine) en cas d’allergie aux bêta-lactamines. L’utilisation de ces derniers nécessite la réalisation préalable d’un prélèvement de gorge pour culture et d’un antibiogramme.

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Les germes des infections respiratoires

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