La résistance aux antibiotiques, ou antibiorésistance, en Europe, en France et en Suisse et plus spécifiquement celle de Streptococcus pneumoniae

Streptococcus pneumoniae, encore appelé Pneumocoque, est une cause fréquente d’infections des voies respiratoires supérieures telles que le rhume, la sinusite et l’otite moyenne, mais il s’agit aussi d’un agent pathogène courant dans les pneumonies invasives, les infections sanguines et les méningites. Il est à l’origine de nombreuses maladies chez les jeunes enfants, les personnes âgées et les patients dont les fonctions immunitaires sont compromises.

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Le mécanisme de la résistance à la pénicilline chez Streptococcus pneumoniae consiste en des modifications des protéines liant la pénicilline (PBP), qui peuvent entraîner une affinité réduite pour la péniciline G et un spectre variable d’autres bêta-lactamines. L’acquisition de la mosaïque PBP se traduit par différents degrés de résistance, allant de la résistance clinique de faible niveau – appelée classiquement intermédiaire (I) – à la résistance clinique complète (R).

Dans les pays de l’UE, les pourcentages de résistance au Pneumocoque étaient généralement stables au cours des années 2013 et 2016, mais avec d’importantes variations inter-pays, comme pour les années précédentes⁽³⁾.

Les pourcentages nationaux d’isolats présentant une non-sensibilité à la pénicilline se situaient entre 0,4% et 41,1%. Par exemple, l’Allemagne ne présente que 4% d’isolats non-sensibles à la pénicilline en 2016 alors que l’Italie en présente 6,5% avec une très nette diminution de 55% depuis 2013, et la France en présente jusqu’à 25,3% ! Ce chiffre corrobore les résultats du rapport de l’ONERBA 2015 qui montrent notamment des souches résistances et intermédiaires à la pénicilline et à l’amoxicilline dans des cas d’otites chez l’enfant de 44,7% et 22,1% respectivement⁽⁴⁾. Toutefois, l’EARS-Net précise que les données peuvent ne pas être comparables entre tous les pays et entre les années, car les seuils cliniques utilisés pour déterminer la sensibilité à la pénicilline chez Streptococcus pneumoniae diffèrent selon les directives utilisées et le site de l’infection.

Dans le rapport d’EARS-Net 2016, la non-sensibilité aux macrolides, notamment à l’érythromycine, était, pour la plupart des pays, supérieure à la non-sensibilité à la pénicilline, jusqu’à 60,0%. La non-sensibilité combinée à la fois aux pénicillines et aux macrolides était moins fréquente, la majorité des pays ayant signalé ce phénotype pour moins de 10% des isolats testés⁽³⁾.

En Suisse, en 2015, le taux de non-sensibilité à la pénicilline était de 6,1%. Avec 6,6%, le taux de non-sensibilité aux macrolides est légèrement supérieur à celle de la pénicilline. La résistance à la lévofloxacine est encore très rare en Suisse. La résistance du Pneumocoque pour le triméthoprime-sulfaméthoxazole et l’érythromycine est plus élevée que celle à la pénicilline mais pas pour la lévofloxacine. Au cours des 10 dernières années, une légère diminution de la résistance aux antibiotiques chez Streptococcus pneumoniae pour la pénicilline, le triméthoprime-sulfaméthoxazole et l’érythromycine a été observée⁽⁵⁾.

La plupart des pays de l’UE ainsi qu’en Suisse ont mis en œuvre une vaccination systématique pour les enfants utilisant des vaccins conjugués contre le pneumocoque multivalents qui aura probablement un impact sur l’épidémiologie de Streptococcus pneumoniae non sensible en Europe.

Les données EARS-Net pour 2016 montrent que la résistance aux antibiotiques reste une menace sérieuse pour la santé publique en Europe⁽³⁾. Comme les années précédentes, la situation de la résistance aux antimicrobiens en Europe présente de grandes variations en fonction de l’espèce bactérienne, du groupe antimicrobien et de la région géographique. En général, les pays du nord ont déclaré des pourcentages de résistance inférieurs, tandis que des pourcentages plus élevés ont été signalés dans le sud et l’est de l’Europe. Ces différences sont très probablement liées aux variations de l’utilisation des antibiotiques, aux pratiques de prévention et de contrôle des infections et aux différences dans les schémas de diagnostic et d’utilisation des soins de santé dans les pays.

En France, le travail des réseaux de l’ONERBA depuis 1997 permet de documenter l’évolution de la résistance aux antibiotiques soit vers plus de sensibilité (Staphylococcus aureus et oxacilline, Streptococcus pneumoniae et bêta-lactamines) soit vers moins de sensibilité (Escherichia coli ou Klebsiella pneumoniae et bêta-lactamines), sans certitudes sur l’avenir de ces tendances évolutives⁽⁴⁾.

La Suisse, quant-à-elle, indique dans un rapport de 2016⁽⁵⁾ que les taux de résistance à la méticilline de Staphylococcus aureus ont nettement reculé depuis 2004, en particulier en Suisse romande, comme cela a été également observé dans quelques autres pays européens, comme les pays limitrophes que sont l’Allemagne, la France et l’Italie. La résistance à la pénicilline de Streptococcus pneumoniae a également diminué au fil du temps, probablement grâce à l’introduction de vaccins contre les infections invasives à pneumocoques. Chez les entérocoques, les taux de résistance à la vancomycine, très faibles, sont restés stables au cours de la décennie écoulée. En revanche, la résistance aux quinolones et aux céphalosporines de troisième génération croît de façon régulière chez Escherichia coli et Klebsiella pneumoniae, comme cela a pu aussi être observée en Europe. Heureusement, la résistance aux carbapénèmes, antibiotiques de dernière génération, est encore rare chez Escherichia coli et Klebsiella pneumoniae. Dans la majorité des pays européens, on observe toutefois une résistance aux carbapénémes croissante chez Klebsiella pneumoniae. Chez Pseudomonas aeruginosa, de fortes progressions dans les taux de résistance ont été observées depuis notre rapport de 2013 pour la ceftazidime et les aminoglycosides. Aucune modification significative n’a été observée chez Acinetobacter spp.